Det er en vanlig antakelse at hydroponic jordbruks-systemer som er det meste omsluttet er fri for insekt skadedyr og andre sykdomsfremkallende organismer. Dette men er ikke sant. På grunn av fravær av naturlige miljø sjekker kan hydroponic systemer være infisert med pest populasjoner som kan spres ganske raskt hvis ikke gitt oppmerksomhet umiddelbart.
Spider mites er vanlige forstyrrelser som vokser på planter i jord mindre systemer. Vokser på undersiden av bladene kan de begynne å infisere planter ubemerket. Hvis du vil hindre at spider mites vokser igjen, sprøyting blader med en løsning av rosmarin olje eller rosmarin olje-baserte plantevernmidler anbefales og så pyrethrin-basert (krysantemum blomst ekstrakt) spray.
Pyrethrinsprays har svært liten effekt på smaken kvaliteten på frukt og grønnsaker, men spider mites kan utvikle en motstand mot det hvis brukes ofte. Neem oljer kan også brukes til å kontrollere spider mites selv om de bør sprayes på planter før fruiting eller blomstrende begynner siden smaken av utvikle frukt kan påvirkes.
Andre typer anlegg skadedyr som sopp kan forårsake skade på planter i vannkultur også. En Universal kur av vann, natron, sitronsaft og en svært liten mengde oppvaskmiddel sprayet på berørte deler av planter har vist seg for å være effektive. Når du bruker denne løsningen det er viktig å sørge for at alle områdene åpne for næringsstoffet løsning er riktig dekket slik at såpebobler ikke utvikle på næringsstoffet løsning. En annen allsidig adgang å kontrollere plante skadedyr er Bordeaux blandingen som består av bakken lime og kobber sulfat. Denne løsningen er selv om prøvd og testet i mer enn et århundre i å effektivt kontrollere soppvekst men ikke veldig organisk.
En annen tilnærming til å plante sykdomskontroll som er ideell for bruk i hydroponic systemer er kjent som biologiske soppdreper som er utgangspunktet bruk av naturlig forekommende og uforandret bakterier og sopp legge ved anlegget infestation. Denne metoden er effektiv i fire måter. Biofungicides angripe sykdomsfremkallende organismer ved å produsere kjemiske forbindelser som forstyrrer og til slutt drepe sykdomsfremkallende organisme.
Biofungicides kan også konsumere mat av skadedyr eller bruke sin levende plass å fullstendig utrydde pest. Dette kan også mate direkte på sopp eller pest som bruker det som en vert. Til slutt, biofungicides kan gi naturlig antibiotika som kan heve anleggets kapasitet til å motstå sykdommer. Disse naturlige sopp-drapet organismer er sikrere og mer stabil når det gjelder lagring sammenlignet med giftige kjemikalier. De er ikke giftig for planter også til tross for gjentatt bruk. Disse kjemikaliene men har sine ulemper. Organismene har en smalere målområdet, krever mer forberedelse før deres bruk og har en kortere holdbarhet i forhold til kjemikalier.